Строительство замка было начато по приказу сёгуна Токугавы Иэясу в 1601 году. Закончено строительство было в 1626 году, во время правления сёгуна Токугавы Иэмицу.
Части замка Фусими были перенесены сюда в 1625-1626 годах. Так как Нидзё был возведён в основном из дерева, значительная его часть была уничтожена пожарами в 1788 и в 1791 годах.
После падения сёгуната Токугава замок Нидзё перешел к императорской семье и был переименован во дворец Нидзё. С 1939 года комплекс Нидзё был передан городской администрации Киото и с 1940 года круглогодично открыт для посетителей.
С 1994 года он причислен к Всемирному наследию ЮНЕСКО. Входит также в число национальных сокровищ Японии.
Замок Нидзё находится в районе Накагё города Киото, бывшей столицы Японии. Замок носит имя дороги, на которой он расположен. Замковый комплекс имеет два концентрических кольца укреплений, каждое из которых состоит из стены и широкого рва с водой.
Замковый комплекс включает в себя замок Хоммару и замок Ниномару. Замок и сады Хоммару расположены во внутреннем кольце укреплений. Замок Ниномару, кухни, строение для охраны и еще несколько садов расположены между этими двумя кольцами укреплений.
На территории замка расположены несколько садов, вишневых рощ и деревьев японской сливы. Сад Ниномару включает в себя пруд, в котором есть три островка, экспозицию из искусно подобранных и расставленных камней и топиара.
